Coronavirus Science Report #77: În India, „ciuperca neagră” afectează pacienții cu COVID-19

O infecție nosocomială complică pandemia, în India. Noi date pun sub semnul întrebării cronologia apariției SARS-CoV-2.

Coronavirus Science Report este o rubrică săptămânală, în care luăm un pic de distanță de zgomotul mediatic și vedem mai clar informațiile cu adevărat esențiale. Iată ce am aflat în ultima săptămână despre COVID-19 și virusul care cauzează această boală:

1. Mii de pacienți cu COVID-19 din India au contactat de „ciuperca neagră”, o boală care îi afectează pe cei cu sistemul imunitar compromis și care are o mortalitate ridicată;
2. Cercetători de la Oxford au dezvoltat o metodă de evaluare a eficacității vaccinurilor fără teste clinice pe scară largă;
3. 13 secvențieri genetice din Wuhan au fost recuperate dintr-o bază de date, de unde dispăruseră, amplificând misterul despre originea coronavirusului;
4. Un model matematic arată că primele cazuri de COVID-19 ar fi putut apărea în octombrie-noiembrie 2019 și că, în ianuarie 2020, virusul deja se răspândea global.

Ciuperca neagră afectează pacienții indieni cu COVID-19

În India, suprasolicitarea sistemului medical produsă de creșterea numărului de cazuri de COVID-19 a creat o nouă problemă: o epidemie cauzată de „ciuperca neagră”. Boala, numită mucormicoza, este o infecție cu o ciupercă care afectează tractul digestiv, plămânii, sinusurile, de la care se poate extinde la ochi și creier, și care apare, în general, la persoane cu sistemul imunitar slăbit. 

Ciupercile care provoacă boala fac parte din ordinul Mucorales și se găsesc din abundență în natură – în sol, pe alimente sau în fecale de animale. În persoanele infectate, ciuperca crează filamente care pot bloca vasele de sânge și duce la moartea unor țesuturi. 

Mucormicoza este, în esență, o boală nosocomială – este produsă de sporii din spitale și adesea se răspândește chiar prin instrumentarul medical, precum tuburile prin care este administrat oxigen sau prin perfuzii. În plus, pentru că în tratamentul anti-COVID-19 sunt folosiți steroizi, dacă aceștia sunt administrați în cantități mai mari decât cele recomandate, pot afecta sistemul imunitar și pot crește nivelul glucozei din sânge (ceea ce, de exemplu, îi face vulnerabili la infecții fungice pe cei cu diabet). 

În doar trei săptămâni, în India s-au înregistrat 30.000 de cazuri de infecție fungică (de la un nivel aproape neglijabil) și 2.100 de decese, conform presei locale.“Black Fungus A New Challenge, We Must Be Prepared,” Says PM, ndtv.com Nu a fost făcută publică o cifră oficială. Cazuri similare au fost descoperit și în alte țări,„Dangerous Indian black fungus spreads to 4 more countries”, aa.com.tr precum Chile, Uruguay, Irak sau Egipt. 

O metodă mai rapidă de a evalua eficacitatea vaccinurilor

Un model care folosește teste de sânge pentru a estima eficacitatea vaccinurilor a fost creat de cercetători de la Oxford și descris într-o lucrare„Correlates of protection against symptomatic and asymptomatic SARS-CoV-2 infection” medrxiv.org (PDF) care nu a fost încă validată independent. Testul analizează cantitatea unor anticorpi în sângele unor voluntari, apoi compară datele obținute cu cele ale voluntarilor care au făcut, ulterior, boala. Cercetătorii spun că metoda de analiză poate fi folosită acolo unde nu pot fi efectuate teste clinice pe scară largă. 

Însă nu este clar dacă autoritățile care aprobă vaccinurile ar accepta această modalitate de testare – mai degrabă ar putea fi folosită ca un predictor, înaintea începerii unor teste mai ample.

Un nou mister despre originea SARS-CoV-2

Jesse Bloom, un virologist de la Centrul de Cercetare al Cancerului Fred Hutchinson din Seattle, a reconstituit parțial„Recovery of deleted deep sequencing data sheds more light on the early Wuhan SARS-CoV-2 epidemic”, biorxiv.org 13 secvențieri genetice timpurii ale virusului SARS-CoV-2 care au dispărut în mod misterios din bazele de date. Se pare că, acum un an, cercetătorii chinezi de la Universitatea Wuhan au urcat 241 de secvențieri genetice obținute de la primii pacienți cu COVID-19, iar pe o parte dintre acestea le-au folosit într-un studiu,„Nanopore Targeted Sequencing for the Accurate and Comprehensive Detection of SARS‐CoV‐2 and Other Respiratory Viruses”, onlinelibrary.wiley.com însă ulterior datele au fost șterse din baza de date.

Bloom a găsit o parte dintre date în cloud și susține că acestea ar arăta că virusul se răspândise deja în orașul chinez înainte de a ajunge în piața de pește Huanan, pe care o investighează acum cercetătorii chinezi și cei de la OMS. Secvențierile recuperate conțin trei mutații care pun acele virusuri mai aproape de cele de la lilieci decât cele din piață.

Bloom este unul dintre cercetătorii care au semnat o scrisoare publicată de Science„Investigate the origins of COVID-19”, sciencemag.org în care cer o investigare mai serioasă a originii virusului. 

Primele cazuri, în octombrie 2019?

O lucrare publicată în PLOS Pathogens„Dating first cases of COVID-19”, plos.org de cercetători de la universitatea britanică din Kent estimează că primul caz de COVID-19 ar fi trebuit să apară în China la 17 noiembrie 2019 sau chiar 4 octombrie, și că virusul s-a răspândit la nivel global în ianuarie 2020, mai devreme decât primele cazuri înregistrate oficial. 

Cercetătorii au folosit un model matematic din biologia conservării pentru a estima felul în care s-a răspândit virusul. Trebuie însă spus că datele acestea sunt estimative și trebuie confirmate de probe concrete ale existenței virusului la acea dată. De-a lungul timpului, au apărut mai multe lucrări care arătau diverse cazuri timpurii de COVID-19 într-o țară sau alta, însă nu există un consens oficial în ceea ce privește validitatea acestor cercetări.

EDIȚIA ANTERIOARĂ: Coronavirus Science Report #76: Cercetătoarea-șefă din Wuhan spune că virusul n-a plecat din laborator